حاج سید جواد در ابتدا حدود 9 ماه در مشهد توقف فرمودند و سپس در پی سفری به تبریز و فوت مادر گرامیشان مجدد راهی مشهد گردیده و مدت 9 سال در مشهد ساکن شد و در این مدت از حضور علمای بزرگی همچون «آیت الله آقازاده خراسانی» و «آیت الله حاج آقا حسین قمی» بهره ها برد. وی سرانجام در سال 1345 ﻫ.ق و در نخستین سال از سلطنت رضاشاه، برای ادامه تحصیل، راه نجف را در پیش گرفت و پس از شش سال اقامت تحصیلی، در بازگشت به ایران، راه به سوی مشهد گشود. آیت الله خامنه ای درباره ی تقارن مدتی از حیات پدر خود با حکومت رضاشاه می نویسد: «پدرم با هر کاری که رضاخان پهلوی کرده بود، مخالف بود از جمله؛ اتحاد شکل از لحاظ لباس و دوست نمی داشت همان لباس را که رضاخان به زور می گوید، بپوشد»، که این بی شک بیانگر روح آزادگی آن سید جلیل بوده است.

اقامت در مشهد
آیت الله سید جواد خامنه ای پس از اقامت دائم در مشهد، به عنوان یک مجتهد و عالمی صاحب نظر، به تشکیل حوزه تدریس اقدام نکرد. وی شاگردان خصوصی و گاه موقت داشت که غیر از فرزندان، می توان از حاج میرزا نصرالله شبستری، از روحانیون تبریز و حاج میرزا حسین عبایی، از علمای مشهد یاد کرد. ایشان امامت جماعت را در مسجد صدیقی ها یا مسجد ترک ها (آذربایجانی ها) که در میانه بازار سرشور قرار داشت، بر عهده گرفته و تا حدود چهل سال به مداومت آن همت گماشت و پس از تخریب این مسجد براساس طرح توسعه حرم رضوی دیگر به امامت جماعت مسجدی نپرداخت، به نحوی فرزند ایشان سید علی در خاطرات خود می نویسد: «بعدها از یکی دو مسجد دیگر آمدند و درخواست کردند که ایشان بروند [برای اقامه نماز]. قبول نکردند... [اما] مسجدی بود نزدیک منزل ما [مسجد امام حسن (ع)] که خود من نماز می خواندم. [دستگاه امنیتی] نماز مرا ممنوع کرده بود. [در سال 1354] آمدند اصرار کردند و ایشان را [برای اقامه یک] وعده نماز بردند.»

زندگی در یک اتاق!
حاج سید جواد بسیار ساده زیست بود و گویی به درستی همانند جد بزرگوار خود، دلبستگی ای به امور دنیوی نداشت، به نحوی که رهبر انقلاب، خانه ای را که در کودکی در آن زندگی می کردند را این گونه توصیف نموده اند: «منزل پدری من که در آن متولد شده ام، تا چهار- پنج سالگی من، یک خانه 60- 70 متری در حمله فقیرنشین مشهد بود که فقط یک اتاق داشت و یک زیرزمین تاریک و خفه ای! هنگامی که برای پدرم میهمان می آمد (همه ما باید به زیرزمین می رفتیم تا مهمان برود. بعدها عده ای که به پدرم ارادت داشتند، زمین کوچکی را کنار این منزل خریده به آن اضافه کردند و ما دارای سه اتاق شدیم.»به نظر می رسد تن دادن به این نوع زندگی، نه از سر اجبار، بلکه یک انتخاب بوده است و چون همسر ایشان نیز به این شیوه از زندگی احترام می گذاشت، در فرزندان نیز روحیه منفی پدید نمی آورد. وی در این راستا از سبک زندگی برای تامین معاش یا رفع گرفتاری ها طبیعی به کسی مراجعه نمی نمود و هرگز برای گشایش زندگی دنیوی، تن به گسترش مناسبات خود با دیگران نمی داد.

مخالف رژیم!
آیت الله سید جواد خامنه ای را نمی توان به صورت واضح، مرد سیاست و مبارزه، به مفهومی که امروزه تصور می شود، نامید. وی پا به این عرصه ننهاد و ادعای آن را هم بر زبان نراند، ولی با وجود این همواره فاصله خود را با عوامل حکومتی حفظ می نمود و روی خوش به رژیم پهلوی نشان نمی داد، به نحوی که فرزند ایشان در خاطراتشان می گویند: «ایشان دیدشان مثل اغلب علمای شیعه امامیه، نفرت به دستگاه حکومت بود؛ به خصوص که ایشان دوران پهلوی را هم دیده بودند و گذرانده بودند و آن سختی ها را چشیده بودند. یک لحظه ایشان برای دستگاه گذشته مفید واقع نشد و هرگز در هیچ جلسه ای [که از سوی آن ها برگزار می گردید] شرکت نکرد...».
تلاش مقامات رسمی مشهد برای بهره گیری از چهره موجه ایشان به نفع حکومت موفق نبودند، چرا که حاج سید جواد، امام خمینی را از نزدیک دیده و به تعبیری با ایشان رفاقت داشتند و جذابیت، منش، متانت و سلوک امام خمینی همواره در یاد و ضمیر حاج سید جواد باقی بود و همواره از آن یاد می نمود.

مطالعه فقط همراه با چای
درباره ی حالات و روابط حاج سید جواد، نزدیکان وی نقل می کنند که وی بسیار اهل مطالعه بود و موضوع کتاب های مورد علاقه او فقه، اصول، تفسیر، حدیث، رجال، سپس کتاب های تاریخی و دیگر موارد بود. چنانچه که گفته اند؛ مطالعه ی وی، معمولاً تا آخر شب ادامه می یافت. با ورود کتاب های سیاسی اجتماعی به خانه توسط پسرانش، آن ها را نیز از نظر می گذراند و برخی را برای خواندن برمی گزید.
یکی از علایق ایشان در حین مطالعه، استفاده ی فراوان از چای بود .

نوشتن نامه بر قسمت سفید نامه دیگران!
آیت الله سید جواد خامنه ای پیکری لاغر، اما سالم داشت و کم غذا می خورد و بسیار قناعت پیشه بود. زیر تشکی که بر روی آن می نشست بایگانی نامه ها، کاغذها و یادداشت هایش بود و نامه های خود را معمولاً بر روی بخش سفید و جداشده ی دیگر نامه ها یا کاغذهایی که برایش می آمد، می نوشت.
گذر زمان کیفیت زندگی وی را دچار دگرگونی نکرد مگر راهیابی تدریجی برق، یخچالی کوچک و تلفن به خانه اش که آن هم با تلاش پسران یا دوستانش انجام می شد، و این خلق و خوی را تا سن 93 سالگی حفظ نمود و سرانجام پس از سال ها تلاش و کوشش در راه کسب مکارم اخلاقی و علمی و تربیت فرزندانی اصلح در 27 شوال 1406 ﻫ.ق برابر با 15 تیر 1365 به لقاءالله پیوست و پیکر مطهرش در توحید خانه (رواق پشت سر مرقد امام رضا (ع)) به خاک سپرده شد.
در مورد آثار این عالم ربانی آمده است که ایشان غیر از یادداشت های فراوانی که از درس های آیت الله محمدحسین نایینی به ایران آورد، بعدها حاشیه ای استدلالی بر شرایع الاسلام نوشت که نیمه کاره ماند، و نیز حواشی ای بر مکاسب و رسائیل تقریر نمودند که هیچ یک متاسفانه رنگ چاپ به خود نگرفتند، به نحوی که حضرت آیت الله سید علی خامنه ای بر خاطراتشان بازگو کرده اند که: «خود ایشان اصلاً فکر این نبود که این ها را مطرح کند.» که بی شک این نیز از فروتنی و افتادگی این عالم بزرگوار بوده است